Sekvenciran genom podloge. Istraživači sa INRA (Institut national de la recherche agronomique) i ISVV (Institut des Sciences de la Vigne et du Vin) Univerziteta Bordeaux objavili su prvu séquence genoma podloge vinove loze. Ovi rezultati predstavljaju napredak i saznanje o genotipu američkog porijekla Vitis riparia ” Gloire de Montpellier “. Samo evropska vinova loza (Vitis vinifera) do sada je bila sekvencirana.
U većini vinograda širom svijeta vinova loza se uzgaja kalemljena na podlogama koje daju otpornost na štetočine tla kao što je filoksera kao i prilagodljivost različitim zemljišnim uslovima. Ova visokokvalitetna sekvenca otvara nove puteve za identifikaciju gena od vinogradarskog interesa koji nedostaju evropskoj lozi (otpornost na bolesti i štetočine, prilagođavanje okolini), od kojih su neki specifični za korijen. Takođe omogućuje predviđanje novih mogućnosti za poboljšanje uslova gajenja vinove loze, sorti podložnih jakim pritiscima patogena, uslovima uzgoja pod ograničenjima i klimatskim promjenama. Rad je objavljen u časopisu Scientific Data 19. jula 2019. godine.
Prvo sekvenciranje genoma
Prvo sekvenciranje genoma u vinogradu izvršeno je 2007. godine na Vitis vinifera (sorta Pinot Noir) od strane francusko-italijanskog konzorcijuma čiju je koordinaciju vodila INRA. Od tada se pojavilo nekoliko verzija ovog genoma, a međunarodni timovi objavili su i sekvence novih sorti. Istraživači sa INRA-a, ISVV-a i Univerziteta sada objavljuju sastav američkog genotipa Vitis riparia “Gloire de Montpellier”. To je prvi neevropski genom vinove loze koji je sekvenciran, kao i prva podloga. Riječ je o najstarijoj podlozi korištenoj u Francuskoj, koja je otac mnogih drugih podloga koje se trenutno koriste u vinogradarstvu.
Ovaj rad započet 2016., kombiniujući tri komplementarna pristupa, doveo je do potpunog sekvenciranja i komentara. Rezultati imaju posebnost prikazivanja faznog genoma, to jest predstavljanja dvije haplotipske verzije svakog para homolognih hromosoma. Ovo predstavlja mnoštvo dodatnih informacija koje, na primjer, pružaju pristup alelnim i informacijama o tipu strukturnih varijacija. Nešto više od 37.000 gena i ponovljenih nizova (oko 35% genoma sastoji se od prenosivih elemenata) je identifikovano. Zabilješke će pomoći da se identifikuju i drugi elementi, poput mikroRNA, dugih nekodirajućih RNA. Istraživači su takođe napravili prvu komparativnu analizu sa sekvencom sorte Pinot Noir. Primijetili su vrlo veliku srodnost i pored divergentosti evolucije tokom 50 milijona godina. Ove analize će biti dovršene kako bi se očuvale karakteristike gena, njihove razlike, tačke konvergencije i proučili molekularni i genetički mehanizmi koji upravljaju osobinama od interesa u nekoliko predstavnika roda Vitis i njihovu raznolikost.
Konačno
Konačno, istraživači su čitavoj naučnoj zajednici stavili na raspolaganje „pretraživač genoma“: pretraživač koji može virtualno cirkulisati kroz genom i tražiti gen da bi vizualizirao njegovu lokaciju i pogledao njegov sastav. Uskoro će biti dostupan na web stranici zajedničke istraživačke jedinice Ecophysiology and functional genomics of the vine (Ekofiziologija i funkcionalna genomika vinove loze): https://www6.bordeaux-aquitaine.inra.fr/egfv .
Pogledati i: https://ovinu.info/studija-genoma-vinove-loze-otkriva-tragove-divlje-proslosti/
Naslov orginala. Vigne: le génome d’un porte-greffe enfin séquencé; Izvor: http://www.inra.fr/; Objavljeno: 19.07.2019.; Prevod: Dragutin Mijatović: Ključne riječi: vinova loza, podloga, sekvenciranje (vine – rootstocks – sequencing)
